中华人民共和国海关总署派驻西藏地方的机构是拉萨海关，下设日喀则、聂拉木、狮泉河和吉隆海关，在拉萨市邮政局设有办事处。拉萨海关对自拉萨贡嘎机场出入境的外国人和国外藏胞办理通关手续。

国家海关部署对进出境的国外藏胞的行李物品监管制定了新的规定，放宽限量。拉萨海关实行两种税则：《中华人民共和国海关进出口税则》和《中华人民共和国西藏地区海关征收进口税办法》。对于在西藏自治区内销售的进口货物，拉萨海关按２１个税目、低税率的西藏地区进口税则征收关税。

西藏自治区政府设有进出口商品检验局，对进出口的商品进行技术检验。西藏自治区进出口商品检验局设在樟木口岸、四川省成都市、青海省格尔木市设有分支机构。

西藏自治区设有食品卫生监督、检验机构８０多个。根据《中华人民共和国食品卫生法》和《中华人民共和国国境卫生检疫法》及其《实施细则》的规定，自１９９２年６月１日起，凡从西藏自治区各口岸进口的食品必须经中华人民共和国拉萨进口食品卫生监督检验所的监督和检验。经营者必须在拥有拉萨进口食品卫生检验所签发的卫生证书后，方可经营销售进口食品。

拉萨动植物检疫所是国家设在拉萨的动植物检疫机关，下设樟木、普兰、吉隆、日屋四个分所，在拉萨贡嘎机场和拉萨国际邮件互换局设有检疫点。根据《中华人民共和国进出境动植物检疫法》规定，拉萨动植物检疫所对下列进出境物品实施检疫：活动物，动物产品，栽培植物，野生植物及其种子，种苗及其他繁殖材料；植物产品，动物疫苗；血清，动植物性废弃物，装载动植物、动植物产品及其他检疫物的装载容器和包装物；来自动植物疫区的运输工具。